Спецификой работы изыскателей Проекттрансстроя является максимальное выполнение работ собственными силами и с привлечением к полевым работам региональных специализированных организаций, хорошо знающих и местные условия, и конкретную ситуацию. Тем самым эффективно используются существующая материальная база, опыт и знания местных условий, а также специфические знания территориальных организаций. Таким примером может служить совместная работа с Якутским институтом мерзлотоведения, Институтом прикладной экологии РС(Я), Институтом горного дела Севера, Нерюнгринским топогеодезическим предприятием и ФГУП «Якутское аэрогеодезическое предприятие» и др.
Проекттрансстрой имеет в своем составе лабораторию аэрокосмического дешифрирования, что позволяет наиболее реально оценивать существующее на сегодняшний день состояние дороги и прилегающих сооружений, прогнозировать геотехническую ситуацию и оптимизировать объемы трудоемких геологических и буровых работ. При этом важно использовать качественный инструмент стриппер knipex.
Особо следует отметить работы, которые перешли к Проекттрансстрою как бы по наследству - изыскания и проектирование новых железных дорог на Востоке страны, в Якутии. Это проходящая в сложнейших инженерно-геологических условиях линия Беркакит-Томмот-Якутск, железная дорога к Эльгинскому месторождению каменных углей.
Изыскания и проектирование железных дорог занимают первостепенное место в работах института. До недавнего времени они были сконцентрированы в Восточной Сибири, где специалисты Проекттрансстроя накопили наиболее богатый и плодотворный опыт на объектах БАМа, Малого БАМа и других линиях, таких как линия Беркакит-Томмот-Якутск (Нижний Бестях), подъездной железнодорожный путь к Эльгинскому месторождению каменных углей, при разработке ТЭО совмещенного автомобильно-железнодорожного мостового перехода через р. Лену у Якутска, ТЭО Томмотского транспортного узла и т.п. Каждый из этих объектов по-своему уникален, но всем им присущи чрезвычайно сложные природно-климатические и инженерностроительные условия, потребовавшие принятия неординарных конструктивно-технологических решений, привлечения научнотехнического потенциала НИИ и проектных организаций отрасли.
